Marzo 1939: un piroscafo in avaria, con il suo dolente carico di profughi della guerra civile spagnola, attracca al porto di Genova. A bordo, uomini, donne e bambini, e nella stiva un cadavere non identificato. Bruno Arcieri, capitano dei Carabinieri in servizio a Roma, da poco agente del SIM, viene mandato a indagare sulla presenza di possibili spie sulla nave. Ma la sua missione si complica quando scopre di dover collaborare con un emissario del Vaticano, che deve scoprire se a bordo c'è un misterioso agente segreto in possesso di documenti di vitale importanza per l'immediato futuro. Il giovane capitano inizia a interrogare i passeggeri, nel tentativo di accertare l'identità dell'agente. Ma le cose precipitano e, tra agguati di spie, profughi che temono di essere rimpatriati, agenti che fanno il doppio gioco e inseguimenti notturni, l'operazione si rivela molto più complessa e impegnativa del previsto.